In 1852 richtte Donders met zijn eigen vermogen een polikliniek op, speciaal gericht op oogheelkunde.

De polikliniek bevond zich in dit voormalige klooster aan het Janskerkhof. Dit universiteitsgebouw fungeerde destijds als onderzoekslaboratorium.

Later werd een eigen gasthuis opgericht: 'Het Nederlandsch Gasthuis voor behoeftige en minvermogende ooglijders te Utrecht'. Tegenwoordig zit hier een hotel met de toepasselijke naam 'Eye Hotel'.

Donders was meer dan 20 jaar directeur van het Ooglijdersgasthuis, van 1862 tot 1883. In 1884 volgde Herman Snellen de Utrechtse beroemdheid op.

Tussen 1892 en 1894 werd het imposante gebouw op de hoek van de Bleyenburgstraat gebouwd. De straat die vanaf de Biltstraat naar de ingang van het Ooglijdersgasthuis loopt, werd later hernoemd tot F.C. Dondersstraat.