De tornado van 1674 ging ook aan de Janskerk niet voorbij. Het westelijk deel van de kerk met de overgebleven toren werd ernstig beschadigd en afgebroken. In 1682 kreeg de kerk een nieuwe westgevel volgens de bouwstijl van die tijd, met een groot boogvenster boven een classicistische omlijsting van de toegangsdeur. Boven het raam is op een gevelsteen de datering ‘Anno 1682’ aangebracht. Links is een deel te zien van de voorgevel van het wachthuis van de schutterij. Boven de ingang is een reliëf aangebracht met het wapen van de provincie Utrecht, omgeven door wapentuig.