De Utrechtse Botanische tuinen behoren tot de oudste nog bestaande universitaire tuinen van Nederland. De Tuinen zijn opgericht in 1639, drie jaar na de oprichting van de universiteit van Utrecht.

Hier begon voor Utrecht de wetenschappelijke bestudering van planten. De kruidentuin was bedoeld om toekomstige artsen – studenten van de faculteit geneeskunde – te leren hoe ze medicijnen voor een ziekte konden voorbereiden. Naast geneeskunde telde de universiteit destijds nog twee andere faculteiten: godgeleerdheid en rechtsgeleerdheid.

Plantkunde was een manier om goddelijke wijsheid beter te leren kennen. Het samenbrengen van exotische planten kwam ook voort uit de behoefte een Tuin van Eden te creëren. De tuin moest ogen als een paradijs en herbergde vreemde planten uit exotische oorden.

Maar door de verwetenschappelijking van de plantkunde werd het goddelijke plaatje snel anders. Evert Jacob van Wachendorff speelde daarin een belangrijke rol. Hij is een van de belangrijkste hoogleraren botanie die Utrecht gekend heeft. In het begin van de 18de eeuw ontwierp Van Wachendorff zijn eigen plantensystematiek, waarmee hij allerlei plantensoorten met lange, ingewikkelde Latijnse namen classificeerde. 

Zo verschoof geleidelijk de aandacht van kruidentuin naar plantkunde. Gedurende de 19de eeuw werd de tuin vaker ingezet voor onderzoek. Dat ging hand in hand met de oprichting van de nieuwe faculteit Wis- en Natuurkunde. Door de uitvinding van de microscoop kwamen de plantenfysiologie en -anatomie steeds meer op de voorgrond.